Arrêts de travail : motif obligatoire, plafonds et ALD, ce qui change

Deux étages de la réforme des arrêts de travail se succèdent en six semaines. Depuis le 1er septembre 2026, le motif médical est obligatoire sur tout arrêt maladie et sa durée est plafonnée. Au Journal officiel du 18 septembre, un décret a ensuite réduit l’indemnisation des arrêts liés à certaines affections de longue durée (ALD), à compter du 15 octobre.

Qui est concerné par les nouvelles règles de prescription ?

Trois professions prescrivent des arrêts de travail : les médecins, les sages-femmes et les chirurgiens-dentistes. L’Assurance maladie et service-public.fr les citent toutes les trois. Les règles valent pour tous les arrêts maladie, hors accidents du travail et maladies professionnelles (AT/MP). Les plafonds de durée ne s’appliquent pas à Mayotte.

Ces mesures découlent de l’article 81 de la loi n° 2025-1403 du 30 décembre 2025 de financement de la sécurité sociale pour 2026. Le décret n° 2026-498 du 12 juin 2026 en a fixé les plafonds de durée.

Que devez-vous faire depuis le 1er septembre ?

D’abord, préciser systématiquement le motif médical de l’arrêt, sur chaque prescription initiale comme sur chaque prolongation.

Ensuite, respecter deux plafonds :

• 31 jours au plus pour un arrêt initial ;
• 62 jours au plus pour chaque prolongation.

Ces plafonds ne sont pas absolus. Vous pouvez prescrire plus long si vous justifiez sur l’arrêt la nécessité d’une durée supérieure, au regard des recommandations de la Haute Autorité de santé (HAS) quand elles existent.

Comment saisir le motif et la dérogation ?

Tout dépend de votre outil :

• e-AAT sur amelipro ou logiciel compatible : le téléservice demande le motif. Si vous dépassez un plafond, il réclame automatiquement la justification ;
• Cerfa papier sécurisé, en cas d’impossibilité technique : le motif se note au volet 1, dans la rubrique « éléments d’ordre médical ». La dérogation et sa justification s’y ajoutent, en attendant une nouvelle version du formulaire ;
• Logiciels intégrés (AATi) : l’Assurance maladie annonce leur adaptation « à compter de début 2027 ».

Le motif obligatoire a-t-il été retiré ?

Non, selon les sources officielles consultées le 30 septembre 2026. L’actualité publiée par ameli.fr le 3 septembre présente toujours le motif comme obligatoire. La fiche de service-public.fr, mise à jour le 1er septembre, décrit les plafonds comme en vigueur. Aucune page officielle ne fait état d’un retrait ou d’une suspension.

Qu’est-ce qui change le 15 octobre pour les ALD ?

Le décret n° 2026-866 du 16 septembre 2026 vise la durée maximale dérogatoire d’indemnisation. Jusqu’ici, les assurés en ALD pouvaient toucher des indemnités journalières (IJ) pendant trois ans au plus. Ce délai tombe à un an pour les ALD non exonérantes, celles qui n’ouvrent pas droit à une prise en charge à 100 %. Les ALD exonérantes gardent trois ans.

La nouvelle durée s’applique aux arrêts prescrits à partir du 15 octobre 2026. Elle vise aussi les arrêts en cours qui atteignent six mois à partir de cette date. Les salariés déjà arrêtés depuis plus de six mois au 15 octobre restent sous l’ancien régime, précise le ministère du Travail. Une nouvelle période d’indemnisation suppose une reprise du travail d’au moins un an.

Selon la veille du Journal officiel de l’UNSA, un second décret, n° 2026-867, applique la même réforme aux travailleurs indépendants, aux ministres des cultes et aux fonctionnaires.

Le décret n° 2026-866 prévoit aussi une sanction contre l’assuré. Depuis le 19 septembre 2026, celui qui cherche à obtenir un arrêt non justifié par son état de santé peut être sanctionné.

Date	Mesure	Texte
1er septembre 2026	Motif médical obligatoire, plafonds de 31 et 62 jours	Article 81 de la LFSS 2026, décret n° 2026-498
19 septembre 2026	Sanction de l’assuré qui cherche à obtenir un arrêt injustifié	Décret n° 2026-866
15 octobre 2026	IJ limitées à un an pour les ALD non exonérantes	Décrets n° 2026-866 et n° 2026-867
Début 2027	Adaptation des logiciels AATi	Annonce de l’Assurance maladie

Une autre réforme est-elle en préparation ?

Oui, mais sans texte à ce stade. Le ministre du Travail, Jean-Pierre Farandou, a annoncé des discussions avec les partenaires sociaux sur les arrêts maladie, rapporte Egora le 21 septembre. Il s’exprimait à la clôture de la Conférence travail emploi retraites.

Selon le même article, le Premier ministre Sébastien Lecornu vise environ 2 milliards d’euros d’économies sur ce poste. Les pistes évoquées : distinguer arrêts courts et longs, viser « la responsabilisation des acteurs, que ce soit prescripteurs ou usagers », miser sur la prévention.

Que reste-t-il à préciser ?

Le montant de la sanction de l’assuré ne figure pas dans les pages officielles consultées. La date de la nouvelle version du Cerfa n’est pas connue, pas plus que le calendrier de la concertation. La prochaine échéance ferme reste le 15 octobre 2026.